Υπάρχουν περιπτώσεις που η συμπεριφορά του σκύλου δημιουργεί μεγάλες προκλήσεις και απαιτεί διαφορετική διαχείριση από τον εκπαιδευτή. Τα ειδικά εκπαιδευτικά προγράμματα απευθύνονται σε σκύλους που εμφανίζουν ακραία προβλήματα συμπεριφοράς, τα οποία δεν μπορούν να επιλυθούν μέσα από τα υπόλοιπα προγράμματα εκμάθησης της βασικής υπακοής.
Με το ειδικό πρόγραμμα, η εκπαίδευση γίνεται εξ ολοκλήρου από τον εκπαιδευτή, ο οποίος λειτουργεί με γνώμονα τη συμπεριφορά του σκύλου και δημιουργεί ένα πλάνο απόλυτα προσαρμοσμένο στις ανάγκες του. Σε αντίθεση με τα υπόλοιπα προγράμματα εκπαίδευσης που έχουν συγκεκριμένη διάρκεια, η έκταση των ειδικών προγραμμάτων καθορίζεται από τον εκπαιδευτή μετά από αξιολόγηση της κατάστασης του ζώου, ενώ τα μαθήματα πραγματοποιούνται στο χώρο που διαμένει ο σκύλος.